Lorsque Akodo Kaneka créa le titre de Shogun au douzième siècle, il espérait manier le pouvoir temporel et ainsi délivrer l'Empereur du fardeau de gouverner. Malheureusement, cela signifiait qu'il devait porter lui-même ce fardeau. Pour gouverner efficacement depuis la position de Shogun, un appareil administratif était nécessaire pour connecter la Cour Impériale avec le Shogun. Ces médiateurs étaient composés des conseillers les plus fiables du Shogun - et de ses meilleurs espions. Ce groupe en vint à être connu après la fin du shogunat sous le nom de « Bakufu » ou « gouvernement de la tente », en référence aux camps militairs que Kaneka affectionnait.

Durant le second shogunat, le Bakufu devint encore plus puissant. Moto Shojiro était un homme encore plus tyrannique et moins scrupuleux que Kaneka - un manque de scrupules dont ses partisans estimaient qu'il était nécessaire au vu de la situation difficile où Shojiro se trouvait. Sous son commandement, le Bakufu gouverna la totalité de l'Empire, écartant la Cour Impériale de tout réel pouvoir de décision. Aussi quand sa dynastie perdit le pouvoir, la Cour Impériale s'assura qu'elle conserverait le pouvoir réel et développa un puissant appareil administratif. Des bureaux furent créés pour toutes les fonctions possibles, du Bureau des Routes au Bureau du Dessin des Armures des Légions Impériales. Les intrigues nécessaires pour remplir ces bureaux gardèrent la Cour Impériale occupée pendant longtemps.

Seppun Morito prit le pouvoir durant la crise de 1863. Les gaijins occupaient les Îles de la Mante, la Cour était dans le chaos le plus total depuis plusieurs années et l'Empereur (feu le père de l'Empereur actuel) souffrait de crises de démence. Morito était Chambellan de la Cour Impériale depuis douze ans et n'était plus un jeune homme. Il était devenu extrêmement populaire quand, pour pallier au manque croissant de shugenjas qui eut lieu après 1859, il avait créé l'école impériale d'érudits. La crise gaijin devait être résolue et Morito décida que cela serait son dernier grand geste politique. En moins de sept mois, il reçut le soutient de la plupart des Champions de Clans, de la plus grande partie de la Cour Impériale et des Légions. Il prit le titre de Shogun et envoya une flotte vers les Îles de la Mante qui revint en escortant les ambassadeurs gaijin. Sous son mandat, Rokugan s'ouvrit au commerce avec le monde extérieur. Un décret impérial fut publié à cet effet - un décret que les adversaires du shogunat considèrent (à mots couverts) comme falsifié. L'intention de Morito avait toujours été de limiter au maximum l'influence et la présence des gaijins au sein de la Cour et de l'Empire. Malheureusement, une augmentation rapide de l'activité de l'Outremonde dans les années suivantes donna aux gaijin une opportunité parfaite pour envoyer troupes et machines sur le front, et ainsi démontrer la puissance de leur technologie aux yeux de tous.

Seppun Hashida est le fils de Morito. Il accéda au pouvoir à la mort de son père, il y a six ans de cela. Il hérita un gouvernement qui dépend largement de la Cour Impériale, elle-même largement soumise à l'influence des gaijin. A peine six mois après que Hashida soit devenu Shogun, l'Empereur décéda et son fils monta sur le trône. Hashida et l'Empereur actuel sont des amis d'enfance, mais cela ne se voit pas aux rapports qu'ils entretiennent. Ils n'ont pratiquement aucun contact en dehors du strict nécessaire pour les occasions officielles. Hashida se retrouve, ironiquement, dans une position qui devrait être celle de l'Empereur : possesseur officiel du pouvoir, mais en fait à la merci des désirs d'autres parties.

La famille Seppun forme la colonne vertébrale du Bakufu. Ils en sont la face directe, les soldats et les serviteurs du gouvernement. La majorité de la famille (encore relativement petite) répond directement à Hashida ou à ses conseillers les plus proches et filtrent les demandes du reste de l'Empire jusqu'à lui. Etant la face visible du Shogunat, la plupart des jeunes Seppun sont éduqués pour vouer une vénération totale à l'Empereur, qui ignore son pouvoir temporel et se concentre sur sa position religieuse.

Les Otomo restent une famille majoritairement composée de courtisans. Très peu d'entre eux sont à la tête de bureaux ou de services de la Cour Impériale. Plus souvent, ils agissent comme des officiers de liaison, permettant à l'administration fragmentée de la Cour de fonctionner aussi bien (ou aussi mal) que le Shogun le désire. Cependant, les relations avec les ambassadeurs gaijins sont pratiquement le domaine réservé de la famille, et l'on voit souvent leur daimyo Otomo Mihaiko présider à tel ou tel évènement donné pour occuper et amuser les ambassadeurs.

Les Miya sont restés discrets depuis la création du Shogunat, une décision qu'ils ne soutenaient pas. Ils ont maintenant officiellement donné leur loyauté au Bakufu, mais le reste du gouvernement ne semble pas leur faire confiance. Récemment, les Miya et leur jeune daimyo Miya Kanshen ont décidé de contrôler l'ensemble de la correspondance diplomatique avec les autres pays au sein de la Cour. Le Shogun n'a pas réagi publiquement à ce nouveau Bureau des Missives Diplomatiques.